镜头可以将采集的光线投射在相机芯片上。配合相机和光源，镜头在确定成像质量方面可发挥重要作用。在最严重的情况下，选择错误的镜头可能会不可挽回地损害成像质量。

在选择合适的镜头时，关键是要在价格和所需的成像性能之间达到平衡，即实现高分辨率的光学成像质量。理想的成像性能可以节省后续图像分析软件所需的处理时间，在大多数情况下还可以帮助用户首先分析出最佳结构。如果可以接受基本的成像性能和平均水平的光学误差，或者如果可通过图像处理来纠正这些错误，则采用具有成本效益的镜头是更好的选择。